Модель классического дорожного мотоцикла Yamaha XJR400 впервые была представлена в 1993 году для внутреннего японского рынка и просуществовала вплоть до 2009 года. Первоначально модель имела достаточно простое оснащение и ничем не выделялась на фоне конкурентов, однако со временем претерпела ряд рестайлингов и получила целый ряд технических преимуществ. В 1994 году модель меняет свое название, добавляя букву S - Yamaha XJR400S. Обновленная версия получает более совершенные настройки двигателя и карбюраторов, что повышает показатель крутящего момента с 34 до 38 Нм. Кроме того, в стандартном оснащении идет задняя подвеска Ohlins. В 1995 году на смену простым 2-поршневым тормозам приходят новые 4-поршневые суппорта Brembo золотого цвета. Модель меняет свое название на - Yamaha XJR400R.